Cochrane Österreich wird durch eine Förderung des Niederösterreichischen Gesundheits- und Sozialfonds (NÖGUS) und mit Unterstützung durch die Donau-Universität Krems finanziert.

Cochrane ist in England als gemeinnützige Einrichtung registriert und eingetragen. Der Gewinn aus der Cochrane Library wird für die Unterhaltung des zentralen Sekretariats, für Reisekosten für das Steuerungs-Gremium und die Patientenvertreter sowie für zentrale Projekte verwendet, die für eine professionelle Arbeit nötig sind (z.B. Entwicklung der Websites für die Cochrane Review Groups, Zentren und Zweigstellen). Zentren, Zweigstellen sowie Cochrane Review Groups müssen sich um eigene Finanzierung bemühen, die nicht aus kommerziellen Quellen stammen darf. Dadurch wird die Neutralität von Cochrane sowie die Vermeidung von Interessenkonflikten gewährleistet.